春天。 一位名叫“星野星”的少女，作为机构的间谍被送往了著名的大小姐学校——圣莉安努女子学院。 虽说转校生十分罕见，但学园的雏鸟们显然还是对开学前进行的仪式更加激动。 在仪式中，被选作十二宫的少女们身上会浮现出印记，这被称作女神的宠爱...

京都陷入沉寂。 正当妖怪改变策略准备入侵时，一场出乎意料的转折却使涟对东云拔刀相向。 在阴谋与真相的漩涡之中，身为姬骑士的少女们与受卖命的命运将会如何？根神京都姬骑士 -后篇- 将为您揭晓！

女高中生涟遇见了多年未见的青梅竹马东云，东云却突然对她说「希望她死」…… 从与东云重逢的那天起，名为“现实”的舞台出现在涟的面前，覆盖着世界的“真相”的帷幕被渐渐拉开了。